RFID电子标签还存在许多在应用技术方面需要进一步解决的问题，其中，低成本开发、低功耗的标签芯片、防碰撞算法、安全技术等已成为研究重点。下面介绍电子标签目前存在的主要问题。
（1）标签的性能问题。电子标签通常容易受到金属或水等液体的影响，如果在标签和读写器之间存在金属物，那么无论采用什么工作频率都无法正常通信。这主要是由于磁场与无线电波均会被金属反射。对于超高频应用，若将电子标签贴在金属物品的表面或者液体物体的表面时，由于电磁信号本身的特点，可能会使得电子标签的电磁信息被液体吸收或者被金属反射，导致信号失真或者无法接收到信号。另外，将多个电子标签紧贴在一起，则会产生信道工作频率的偏移，也会导致RFID标签无法正常读取。
以2.45 GHz频带的RFID为例，2.45 GHz频带的无线电会被水吸收。例如，将电子标签贴在饮料瓶上时，从瓶罐背面扫描就读不出信息，其解决方法，是想办法将电子标签贴在饮料瓶两侧，或者在多个位置设置扫描仪或读写器。
（2）特殊尺寸的电子标签。随着RFID应用模式多样化，以及应用规模的增加，特殊尺寸和多样性的电子标签也成为需要解决的问题，尤其是尺寸更小、性能更佳且封装材料更符合应用场景的标签已成为目前特殊行业RFID应用的发展趋势。随着标签尺寸的缩小，电子标签的天线及芯片等关键部件的尺寸也需要相应减少，这对于RFID天线的设计与标签的封装工艺来说，将是一个重要的挑战。
（3）电子标签的成本问题。电子标签的成本问题，将会极大地影响和限制RFID的进一步推广和应用。电子标签的成本与RFID的应用层次、应用模式及应用规模之间都具有极大的相关性。 在新的制造工艺没有普及推广之前，高成本的电子标签只能用于一些本身价值较高的产品。美国目前一个电子标签的价格为0.30～0.60美元，对一些价位较低的商品，采用高档RFID标签显然还不合算。
（4）电子标签的安全性和隐私问题。电子标签会涉及个人隐私等信息安全问题，电子标签在物品购买和使用过程中，可能造成个人消费和其他隐私信息的暴露，这是RFID普及之前必须克服的问题。
（5）标准化问题。标准化是推动产品获得市场广泛接受的必要措施，但射频识别读写器与标签的技术仍未见其标准统一。不同制造商所开发的标签通信协定，使用不同的频率，且封包格式 不一。此外，标签上的芯片性能，存储器存储协议与天线设计约定等方面也都需要统一标准。
